Zadaniem gracza jest oczywiście pomóc Pataponom w pokonaniu ich przeciwników. Podobnie jak poprzedniczka, Patapon 2 jest hybrydą wielu gatunków. Mamy tu m.in. elementy strategii, gier muzycznych oraz zręcznościowych. Aby przeprowadzony atak przebiegł został zwieńczony sukcesem, gracz musi wybić odpowiednią melodię, w rytm której nasi mali wojownicy przystąpią do walki. Oczywiście im dalej w las, tym poziom trudności staje się coraz wyższy. Autorzy gry pomyśleli jednak o mniej zaprawionych graczach i specjalnie dla nich przygotowali łatwiejszy poziom rozgrywki